মীর মশাররফ হোসেনের সবচেয়ে বিখ্যাত ও কালজয়ী গ্রন্থ হলো মহাকাব্যিক উপন্যাস বিষাদ-সিন্ধু (১৮৮৫-৯১)। কারবালার যুদ্ধ নিয়ে রচিত এই উপন্যাসটি বাংলা সাহিত্যের অন্যতম জনপ্রিয় কাজ।
তাঁর রচিত অন্যান্য উল্লেখযোগ্য গ্রন্থগুলো হলো:
- উপন্যাস: রত্নাবতী (১৮৬৯ - প্রথম গ্রন্থ), উদাসীন পথিকের মনের কথা (১৮৯০), গাজী মিয়ার বস্তানী (১৮৯৯)
- নাটক: বসন্তকুমারী নাটক (১৮৭৩), জমীদার দর্পণ (১৮৭৩)।
- আত্মজীবনী: আমার জীবনী, বিবি কুলসুম
এছাড়াও তিনি 'ছোটদের মহানবী'সহ আরও অনেক বই লিখেছেন